En Bonsái, los jugadores asumen el papel de expertos maestros del bonsái con la intención de cultivar su propio árbol en miniatura. Quien cultive la mejor planta será designado para exponer su bonsái en los jardines imperiales.
Bonsái se juega por turnos, en sentido horario y empezando con el jugador inicial. En tu turno, elige y lleva a cabo una de estas dos acciones: meditar o cultivar; luego, comprueba si puedes reclamar una ficha de Objetivo. Después de llevar a cabo la acción y reclamar una ficha de Objetivo, tu turno termina y pasa al siguiente jugador.
Para meditar, elige una de las cartas bocarriba que haya en el tablero y tómala, junto con las fichas de Bonsái que se indiquen debajo de la carta que robes.
Una vez tomadas las fichas de bonsái, desliza todas las cartas bocarriba del tablero hacia la derecha llenando el espacio que acaba de quedar vacío, luego roba la carta superior del mazo y rellena el espacio vacío a su derecha.
Coloca tus cartas de Crecimiento a la derecha de la ficha de Seishi, extendiéndolas de forma que solo se vea la barra lateral (la barra que muestra qué fichas puedes colocar con la acción Cultivar). Coloca las cartas de Herramienta de forma similar, pero a la izquierda de la ficha de Seishi.
Mantén tus cartas de Ayudante y de Maestro junto a tu ficha de Seishi en una única pila bocabajo después de aplicar sus efectos. Además, deja tus cartas de Pergamino en la misma pila bocabajo; estas se puntuarán al final de la partida.
Para cultivar, puedes colocar fichas que estén en tu suministro personal en tu Bonsái. Puedes colocar tantas fichas como símbolos representados haya en tu ficha de Seishi y en alguna o en todas tus cartas de Crecimiento. Cada símbolo te permite colocar 1 ficha del tipo correspondiente.
Una ficha de Madera se tiene que colocar adyacente a otra ficha de Madera; es decir, con al menos un lado tocando la ficha de Madera, mientras que una ficha de Flor se tiene que colocar adyacente a una ficha de Hoja. Las hojas se tienen que colocar adyacente a una ficha de Madera y la fruta se tiene que colocar entre dos fichas de hojas adyacentes entre sí.
En el turno en el que tu Bonsái iguale o supere los requisitos de una ficha de Objetivo que todavía esté en el centro de la mesa (es decir, una ficha de Objetivo que ningún jugador haya reclamado aún), tienes que elegir de inmediato si quieres reclamar esa ficha o si quieres renunciar a ella para intentar conseguir una ficha de Objetivo más difícil.
Si completas y reclamas una ficha de Objetivo, tómala y déjala junto a tu Bonsái. Solo puedes reclamar 1 ficha de Objetivo de cada color. Aunque renuncies a tomar una ficha de Objetivo cuando la completes, puedes intentar, en turnos posteriores, completar una ficha de Objetivo más difícil del mismo color, pero ya no podrás reclamar aquella a la que renunciaste.
Cuando se revela la última carta del mazo, se activa el final de la partida: todos los jugadores, incluido el que activó el final, juegan un turno más y, a continuación, la partida termina y se cuentan los puntos usando el bloc de puntuación.